第十八條獲得補助的企業將州級財政補助經費用于開展科技創新相關活動，不得用于支付各種罰款、捐款、贊助及償還債務等支出，不得用于編制內在職人員的工資性支出和離退休費用，以及國家規定禁止列支的其他支出，應嚴格執行《阿壩州科技計劃項目專項資金管理辦法》等財務規章制度和會計核算方法，自覺接受審計、財政、監察等部門的監督檢查。
第十九條州科技局、州財政局、州稅務局將會同縣市相關管理部門對獲得補助的企業開展抽查，對以弄虛作假等手段套取騙取資金等違法違規行為的，按照有關法律法規處理并退回財政資金，將企業列入失信名單，企業五年內不得申請阿壩州科技計劃項目。涉嫌犯罪的，依法移送有關機關處理。
第二十條各級科技、財政、統計部門以及相關州級推薦單位、工作人員在專項資金管理工作中，存在濫用職權、玩忽職守、徇私舞弊等違法違紀行為的，按照《中華人民共和國預算法》《中華人民共和國公務員法》《中華人民共和國監察法》《財政違法行為處罰處分條例》等有關規定追究有關責任單位和人員的責任；涉嫌違紀違法的，移送紀檢監察機關和司法機關處理。
第二十一條州科技局、州財政局、州稅務局將適時對獲得補助的縣市開展監督檢查和績效評估，相關結果作為以后年度財政資金安排的重要參考。
第二十二條各級科技、財政、稅務、統計等部門應建立交流通報、監督檢查和績效評價機制，加強統籌協調，推進信息共享。